Cleanflight und Baseflight lädst du mit der entsprechenden App direkt auf den Controller. Wenn du im Bootloader-Mode bist und den Flightcontroller mit dem PC verbindest erhältst du im Bootloader-Abschnitt ein Auswahlfenster wo die derzeit gültigen Versionen für unterschiedliche Flightcontroller gelistet sind. Die kannst du dann online direkt flashen. Bestehende Internetverbindung vorausgesetzt, ist klar.
Mußt also zuerst die Cleanflight-App bzw. Baseflight-App im Browser installieren lassen, dann kanns losgehen.
Wie das bei anderen Software-Varianten die auf einigen RtF-Modulen ist kann ich nicht sagen, aber solange da ein STM32 drauf werkelt sollte das auch mit Cleanflight klappen. Schließlich brauchst du die GUI zu der Firmware, die auf die FCU drauf soll.