Hey!
Wenn die Ungenauigkeit (je nach Fräse sind 0.1mm gar nicht so schlecht ;-)) auf dem Weg einer Achse passiert, dann würde ich Probleme mit Parallelität und Rechtinkligkeit erstmal ausklammern. Das ist ein ganz eigenes Thema und hier ja scheinbar gar nicht das Problem. Wenn der Schrittmotor für 40mm Verfahrweg dreht und keine 40mm ankommen, kann das meines Wissens nach mehrere Gründe haben:
1. Die Maschine könnte falsch konfiguriert sein. Man stellt das ja alles nach Schritte/Umdrehung und Verfahrweg/Umdrehung ein. Wenn hier eine Ungenauigkeit herrscht irgendwo im Antriebsstrang, dann kann das schon zu Ungenauigkeiten führen 40.1 statt 40 sind 0.25% Abweichung.
2. Spiel im System. Wenn da Spiel im System ist, dann kann es sehr wohl passieren, dass die ersten paar Schritte am Motor vergehen, bevor sich die Achse selber etwas dreht. Das würde dann zu untermaß führen und müsste in beide Richtungen autreten.
3. Wabbelige Mechanik. Wenn die Z-Achse Spiel hat, also irgendwie wackelt, z.b. weil die Lager nicht richtig eingestellt wurden, dann wird sich das ebenso auf die Genauigkeit auswirken. Wenn man die Lauflager mit Spiel als Drehpunkt betrachtet, ist der Fräser meist recht weit weg. Das wirkt als Hebel und kann sehr geringes Spiel zu recht großen Ungenauigkeiten verstärken.
4. Unrund laufen der Spindel. Wobei 0.1mm Ungenauigkeit durch unrundes Spiel schon spürbar Vibrationen produzieren sollte.
5. Werkstück richtig fest? Vielleicht ist minimales Spiel in der Befestigung des Werkstücks?
6. Material-Eingenschaften. Es wurde ja schon gefragt, ob es sich um Holz handelt und ob die Ungenauigkeit mit der Maserung mitgeht. Um das zu testen, fräs einmal mit der Maserung parallel zur X-Achse und einmal mit der Maserung parallel zur Y-Achse. Wenn bei beiden Versuchen immer X 0.1mm zu groß ist, hat es nichts mit dem Material zu tun. Ist einmal X und einmal Y zu groß, spielt es mit dem Material zusammen.