Hallo Max,
ja, Du brauchst die Variante (1) des Konverters.
D0 und D1 sind die Pins des HW USART, der für den MSB benutzt wird. Der Konverter macht hier den Bus Master (normalerweise der M-Link Empfänger) und empfängt die Sensorwerte von allen am MSB vorhandenen Sensoren, die in diesem Fall vom YGE Regler repräsentiert werden. Die Diode und der Widerstand sind eine Schutzbeschaltung, die so üblich ist bei seriellen Verbindungen mit High als Ruhepegel.
Was den Arduino angeht, empfehle ich ein Pro Mini, da dieses einen Spannungsregler an Board hat. 8 oder 16MHz Taktfrequenz ist im Prinzip egal. Das 16MHz Board braucht halt mindestens 5V, aber wenn Du nicht gerade mit einer LiPo Zelle als Empfängerversorgung arbeitest, ist das kein Problem (dem 8MHz Board reichen 3,3V).