Ich traue mich kaum etwas zu dem Thema beizutragen. Das größte Urmodell das ich mal gebaut habe hatte eine Spannweite von 2,2m und ist deshalb mit dem was Du hier machst in keinster Weise zu vergleichen.
Allerdings hatte ich bei dem Flächen-Urmodell das ich meine komplett auf Holz verzichtet und drei Lagen 160er GFK auf die Kerne gepresst. Zum Pressen habe ich dann Rollglas aus dem Baumarkt verwendet. Ich hatte also nach dem erste Bearbeitungsgang schon eine spiegelglatte Oberfläche. Allerdings waren in dem Flügel viele kleine "Wellen" in der Oberfläche vorhanden (deutlich kleiner als 0,1mm). Diese Wellen aus dem Modell wieder herauszubekommen hat dann bedeutet wochenlang schleifen und spachteln. Auch die Endleiste hatte minimale Wellen, wobei die so klein waren, dass sie eher ein Schönheitsfehler waren als ein aerodynamisches Problem.
Eine Ferndiagnose ist natürlich schwierig, aber vermutlich ist es am besten die erste Glas Schickt die schon auf dem Positiv ist noch mal mit Holz zu beplanken. Wellen bekommt man aus Holz wohl doch einfacher heraus als aus GFK.
Falls Du doch mit GFK arbeiten solltest macht es aerodynamisch wahrscheinlich keinen Unterschied ob die Flügel um die Beplankungsstärke dünner sind. Im Modellflugbereich sollten die Abweichungen zwischen gebauten und original Profilen unter 0,3mm liegen. Das ist relativ viel. Im Manntragenden Bereich könnte das durchaus mehr sein. Informiere Dich erst mal wie groß die Abweichungen sein dürfen, Ruf mal bei einer Universität mit einem Laminarwindkanal an. Die geben da bestimmt Auskunft.
Ich verfolge übrigens Deine Bauberichte mit sehr großem Interesse, es ist wirklich bewundernswert was Du da aus dem Boden stampfst.